Flora dan Fauna

Vegetasi
Tanaman kelapa merupakan vegetasi utama yang ditemukan sebagian besar pulau-pulau kecill yang tak berpenghuni, seperti: Pulau Menjangan Besar, Pulau Menjangan kecil, P. Bengkoang, P. Menyawakan dan P. Kembar
Tumbuhan langka dan khas Karimunjawa yaitu kalimaada, dewandaru dan setigi yang dianggap berkhasiat dan dikeramatkan oleh penduduk,
Vegetasi pesisir disusun oleh beberapa jenis bakau seperti Rhizopora sp, Bruguiera sp, Zvicenia sp, dll. Serta beberapa bakau ikutan dan vegetasi pesisir lain seperti gabusan, cemara, ketapang, waru laut dan sebagainya.

Jenis fauna darat
menjangan (Muntiacus Muntjak)
kera ekor panjang (macaca fascicularis)
ular edor (akistrodon rhodostorna)
landak (Hystrix brachra)
biawak (Varanus salvator)
trenggiling (Manis javanica)
Rase dan berbagai jenis Ular.

Jenis Unggas/Burung
Trucukan
Betet
raja udang
etang taut burik
alap-alap
burung khas Karimunjawa, yaitu
trucuk Pycnonotus goiaviar ras karimuciensis
betet Psittacula alexandria ras dommermani
punai leher merah Treron vernans ras Karimuniesnis
cinenen kelabu Orthonomus Sepium ras pattiolatus
burung pergam ketanjar Ducula roscacea

Berdasarkan UU No. 5 th. 1990 tentang Konsenvarsi Sumber Daya Alam Hayati dan Ekosistemnya dan ditindaklanjuti dengan Keputusan Menteri Kehutanan RI No.301/Kpts-11/1991", Jenis burung yang ditindungi dikawasan Karimunjawa adatah :

Burung raja udang (Halycon chloris, H. capensis)
Raja udang suci (Ha. sancta)
Trulek jawa (Va. Macropterus)
Kuntul karang(egreta socra)
Kuntul perak karang (Eg.garzetta)
Alap-alap macan (Falco severus)
Sesap madu (Necatarinia jugularis)
Bido (Spilornis Cheela)
Alang laut burik (Pandion halioeetus) dan
Elang laut putih (Haliaeetus leucogaster)

Sumber Tulisan:

http://www.central-java-tourism.com/id/places-pantai-karimunjawa.php